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chi-biotech 真菌denovo測序


  真菌基因組測序主要針對無參考序列的物種進行測序,樣品基因組測序后從頭開始組裝。對于真菌樣品,由于基因組較大且比較復雜,推薦先對真菌樣品進行初級組裝,再根據初級組裝的結果進行高級組裝,以提高組裝質量。根據組裝結果,可預測真菌基因組中包含的基因,通過功能數據庫比對可得到基因的功能注釋信息。真菌基因組測序在研究植物致病性真菌、生物防治真菌等方面有重要的應用。


       根據不同的研究目的與需求,以及不同的組裝程度需求,真菌基因組測序提供以下兩種產品類型:真菌框架圖、真菌精細圖。


技術路線

技術參數


真菌框架圖

真菌精細圖

樣本類型

基因組DNA

基因組DNA

總量、濃度要求

m≥2 μg,c≥50 ng/μL

m≥30 μg,c≥100 ng/μL

測序平臺

HiSeq PE150

PacBio為主,與HiSeq等其他平臺結合

測序策略

≥100X

小片段文庫(350bp)≥100X

大片段文庫(10K)≥100X

建庫策略

小片段文庫(350bp)

小片段文庫(350bp)+大片段文庫(10K)

指標

初級組裝

簡單基因組,Scaffold N50≥500K

復雜基因組,Scaffold N50≥300K

項目周期

30個工作日

60個工作日




生物信息分析內容



1、數據質控

2、Denovo組裝

3、基因組組分分析(基因預測、重復序列、非編碼RNA)
4、基因功能注釋(COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot)
5、致病性分析(分泌蛋白預測、PHI、細胞色素P450、CAZy)
6、比較基因組分析(共線性分析、Core-pan分析、進化分析)












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